Ceon Advanced Shipper hace todo, pero solamente es necesario cuando las opciones por defecto dentro de Zen Cart no pueden cumplir con tus requisitos complicados. Está todo bien explicado en su web.
Aunque Zen Cart es el mejor cart para los usuarios aquí, hay muy pocos usuarios españoles: no hay un foro en castellano y de los que he visto no hay costumbre de "soporte solidario" de la comunidad como se encuentra aquí en inglés.
Si quieres seguir con Zen Cart habrá que buscarte la vida - en inglés. Todas las preguntas básicas ya han sido contestado aquí, y nadie quiere repetir las mismas soluciones x veces.
Dado que tu consulta refiere a España, me llamó la atención y aunque personalmente me gustaría que más españoles usaran Zen Cart, sé que es imposible por la falta de información en español. No puedo hacer tutoriales paso a paso.
Tienes que experimentar e investigar las opciones de envío que hay (tabla de tarifas lo hace por peso). Si te resulta demasiado complicado o no puedes entender inglés suficientemente bien para encontrar la solución en el foro, no vas a poder poner una tienda Zen Cart en marcha y deberías pensar en otra solución como Prestashop donde hay más usuarios españoles.
Perdona si mi respuesta parece brusque pero quiero que evites muchas horas de frustración en este camino,
un saludo
Steve